A primitiva Capela em louvor a São José foi construída no ano de1886. Nos anos de 1896 a 1906 a antiga Capela foi demolida e outra mais ampla e aprazível foi erguida no local. No dia 22 de novembro de 1934, Dom José Tupinambá da Frota decretava, oficialmente, a criação da Paróquia.
Uma grande remodelação da Matriz começou em 10 de maio de 1941. Nesta reforma foi construída a torre e parte da Igreja que faltava. A obra foi solenemente inaugurada no dia10 de dezembro de 1950.
Ubajara foi primitivamente habitado por várias tribos indígenas. Somente nos meados do século XIX, foi que algumas poucas famílias, atraídas pela exuberância das terras Ibiapabanas, ali fixaram residência.
Com a vinda dessas famílias, deu-se a formação do primeiro arraial, denominado “Jacaré”, que ficava localizado ás margens do riacho do mesmo nome.
As terras do arraial foram doadas pelos senhores José Rufino Pereira, José Lopes Freire e Joaquim Mulato. Os dois primeiros fizeram a doação de cem braças de terra para a construção de uma capelinha em Homenagem a São José. Isto se deu em 1886 e, logo depois, em 1887, o então vigário de Ibiapina, Pe. Manoel de Lima Araújo fez a benção da Igreja.
No dia 22 de novembro de 1935, Dom José Tupinabá da Frota decreta oficialmente a criação da Paróquia de São José de Ubajara, desmembrada de Ibiapina e Tianguá. Seu primeiro pároco foi Pe. Inácio Nogueira Magalhaes.
Por portaria de Dom José, datada de 31 de maio de 1939, foi nomeado como segundo vigário de Ubajara, o Rvmo. Pe. Otacílio Alves Ferreira, que tomou posse no dia 18 de julho do mesmo ano. Um ano depois iniciaram os trabalhos de reforma da Igreja Matriz, acontecendo também a sucessão do Pe. Otacílio pelo Rvmo. Pe. Domingos Gusmão Sabóia. 
No dia 12 de dezembro, houve a benção solene da Matriz por Vossa Excia. Dom José Tupinambá da Frota. Pe. Domingos deixou a Paróquia no dia 28 de janeiro de 1951. No mesmo dia toma posse o Rvmo. Pe. Moacir Melo Cavalcante. No dia 28 de dezembro 1959 chega a Ubajara companhia das Filhas de Caridade de São Vicente de Paulo, que fundam o Instituto Nossa de Fátima.
Em 1º de maio 1960 assumiu a Paróquia Pe. Francisco Tarcísio Melo. Com a chegada de Dom Javier, o mesmo foi nomeado Vigário Geral no dia 12 de agosto de 1991.